Santoso dilahirkan pada 21 Ogos 1976 di Tentena, Sulawesi Tengah, Indonesia. Bandar Tentena terletak lebih kurang 7 jam dengan menaiki bas daripada ibu negeri Sulawesi Tengah iaitu Palu. Bandar kecil yang sebahagian besar didiami dengan penduduk Kristian ini berada pada kawasan pantai utara daripada Danau Poso. Bandar Tentena pernah bercanggah kepada perkampungan-perkampungan Islam persekitarannya.

Santoso mempunyai dua isteri. Isteri pertama beliau dinamakan Suriani atau dengan nama lain sebagai Umi Wardah yang menetap di Kalora, Poso Pesisir Utara, Poso, Sulawesi Tengah. Isteri kedua beliau ini berasal daripada Kota Bima dan merupakan seorang bekas isteri daripada satu ahli mujahiddin yang meninggal dibunuh semasa hubungan bersenjata kepada Tentera Darat Indonesia.[2]